กรมศิลปากรได้ขุดแต่งและบูรณะโบราณสถานวัดมงคลนี้ ใน พ.ศ. ๒๕๔๙ – ๒๕๔๙ พบหลักฐานว่ามีการก่อสร้างครั้งที่ ๒ ได้เปลี่ยนวิหาร ให้เป็นอุโบสถและขยายให้มีขนาดใหญ่ขึ้นจนเชื่อมเป็นฐานเดียวกับเจดีย์ ซึ่งน่าจะสัมพันธ์กับความรุ่งเรืองของศาสนาพุทธลังกาวงศ์ (ใหม่) ที่เข้ามาสู่เมืองเชียงแสน ในราวศตวรรษที่ ๒๑